Os 13 Representantes do Governo Federal, os 8 Representantes dos Produtores e Usuários, com respectivos suplentes e os 5 Representantes de entidades de caráter nacional representativas dos setores de ensino, pesquisa, ciência e tecnologia, organizam-se em torno de Comissões Temáticas, Setoriais e Temporárias às quais comparecem não apenas os Conselheiros que as compõem, mas também especialistas, empresários e dirigentes públicos especialmente convidados. Estas Comissões atuam propondo a criação de subcomissões, Grupos de trabalho, Seminários, Painéis e outras ações, bem como elaborando termos de referência de atividades de estudo ou avaliação de seus assuntos específicos.
