A Secretaria de Políticas e Programas de Pesquisa e Desenvolvimento – SEPED tem por finalidade implantar e gerenciar políticas e programas visando ao desenvolvimento científico, tecnológico e de inovação no País: nas áreas de Ciências Exatas, das Engenharias, da Terra e da Vida, em especial em Biotecnologia e Saúde, em Novas Fontes de Energia, e nas áreas de interesse estratégico para o levantamento e aproveitamento sustentável do patrimônio nacional, em especial em Biodiversidade, Ecossistemas, Meteorologia, Climatologia e Hidrologia, Ciências do Mar, Antártica, Mecanismos de Desenvolvimento Limpo e Mudanças Climáticas Globais.

A sua estrutura organizacional é composta pelas seguintes unidades: