A Coordenação-Geral das Unidades de Pesquisa – CGUP tem por finalidade acompanhar a execução das ações das unidades de pesquisa estabelecidas no Plano Plurianual e negociar, pactuar, acompanhar e avaliar os Termos de Compromisso de Gestão assinados pelas unidades de pesquisa com o Ministério.