Os Fundos atendem a áreas diversificadas, mas têm características comuns em relação a sua operacionalização:

• Vinculação de receitas: os recursos não podem ser transferidos entre os Fundos e são aplicados para estimular a cadeia do conhecimento e o processo inovativo do setor no qual se originam.
• Plurianualidade: pode-se programar o apoio a ações e projetos com duração superior a um exercício fiscal.
• Gestão compartilhada: os Comitês Gestores são constituídos por representantes de ministérios, das agências reguladoras, da comunidade científica e do setor empresarial. Fontes diversas: os recursos são oriundos de diferentes setores produtivos, derivados de receitas variadas, como royalties, compensação financeira, licenças, autorizações, etc.
• Programas integrados: os recursos podem ser utilizados para apoiar projetos que estimulem toda a cadeia de conhecimento, desde a ciência básica até as áreas mais diretamente vinculadas a cada setor.