As receitas que alimentam os fundos têm diversas origens, tais como: royalties, parcela da receita das empresas beneficiárias de incentivos fiscais, Contribuição de Intervenção no Domínio Econômico (CIDE), Compensação Financeira, Direito de passagem, Licenças e Autorizações, Doações, empréstimos e receitas diversas. Com exceção do FUNTTEL, os recursos captados são todos alocados, em Categoria de Programação Específica, no Fundo Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico – FNDCT, o qual passou a operar com mecanismos adequados a cumprir essa finalidade.

As decisões acerca da destinação dos recursos de cada Fundo são tomadas com a participação de representantes de ministérios, agências reguladoras, da comunidade científica e do setor produtivo, reunidos em Comitês Gestores respectivos, que definem as diretrizes e o plano anual de investimentos, acompanham a implementação das ações e avaliam os resultados obtidos.

Para a implementação dos projetos aprovados, os Comitês Gestores contam com os agentes executores. Assumem esta função as agências federais - CNPq e FINEP, as FAP’s ou outros órgãos apropriados que desempenhem as funções de contratação e de acompanhamento e avaliação dos projetos.