A princípio, todos os grupos de pesquisas em universidades, institutos e centros de pesquisas, individualmente ou associados a empresas, e que estiverem de acordo com as exigências estabelecidas nos documentos básico e operativo de cada Fundo e respeitando as normas de cada edital ou chamada.

São instituições passíveis de utilização de recursos dos Fundos Setoriais:

• Universidades, públicas ou privadas, do país, sem fins lucrativos, e suas fundações.
• Centros de Pesquisa do país, públicos ou privados, sem fins lucrativos.

As empresas públicas ou privadas podem participar técnica e financeiramente da execução dos projetos apoiados pelos Fundos Setoriais. Nestes casos, as empresas ou grupos de empresas podem ser signatárias dos convênios e, para tanto, devem manifestar o interesse na parceria com as universidades ou centros de pesquisa e definir formalmente a contrapartida técnica e financeira. Os projetos que contarem com a participação de empresa ou grupo de empresas são preferenciais nos processos de avaliação e contratação.