As propostas devem ser preparadas de forma a atender as premissas básicas dos Fundos Setoriais e as características específicas de cada Fundo, elencadas nos Editais/Cartas-convite.

A etapa de preparação envolve fases importantes, como a identificação do objeto da proposta com o escopo da convocação, a negociação dos termos de participação com os parceiros e a definição de objetivos claros, prazos, metas e uma estrutura organizacional própria.

A definição da estrutura organizacional é uma das etapas mais críticas. Deve-se explicitar o modelo de gestão que será empregado, definir as responsabilidades, elaborar contratos definindo as obrigações e direitos dos parceiros, incluindo os de propriedade intelectual, especificar subcontratações e montar o cronograma de atividades. Outro ponto crítico é o perfil do gestor do projeto. Além de experiência técnica na área, o gerente do projeto deve ter habilidade para negociar prazos e recursos, organizar informações técnicas e econômicas e motivar e liderar o grupo executor do projeto.

Em linhas gerais, uma boa proposta é aquela que apresenta clareza de objetivos e de definição de etapas, prazos, orçamento e responsabilidades. Também deve explicitar o potencial de contribuição para o setor beneficiado, a aplicabilidade dos resultados, a capacitação da equipe e da infra-estrutura física disponíveis e os mecanismos para monitoramento e avaliação do projeto.

As propostas devem ser preparadas empregando-se os formulários específicos indicados na convocação. Estes formulários eletrônicos são instrumentos que facilitam a construção da proposta, pois possuem campos específicos para a identificação dos proponentes e instituições envolvidas, descrição da capacitação da equipe, elaboração do plano de atividades, consolidação do orçamento, descrição de resultados esperados e outras informações.