O Programa foi objeto de proposta brasileira apresentada na II Reunião Ministerial de Ciência e Tecnologia dos países da comunidade dos países de língua portuguesa, realizada em 5 de dezembro de 2003, na cidade do Rio de Janeiro. Em que pese a importância de iniciativas vigentes, o PROÁFRICA, ao aportar novos recursos para a região, vem ampliar a cooperação entre os países signatários para sua capacitação científica e tecnológica, por meio de mecanismos como:

- intensificação dos esforços cooperativos de pesquisa científica e tecnológica;
- a crescente articulação entre os organismos multilaterais e os projetos de cooperação que eventualmente apoiam;

O Programa tem por objetivo dotar o sistema de Ciência e Tecnologia de instrumento que permita a formulação de uma estratégia regional própria nesta área.

A Portaria MCT nº 363, de 22.07.2004, aprova o anexo Documento Básico Brasileiro para o Programa de Cooperação Temática em matéria de Ciência e Tecnologia (PROÁFRICA).

O primeiro edital do Programa PROÁFRICA foi lançado em 29 de agosto de 2005, e o objetivo foi o apoio financeiro de missões exploratórias, de atividades de cooperação em projetos conjuntos, e também de eventos em ciência e tecnologia e inovação, inicialmente com os países africanos de língua portuguesa: Angola, Cabo Verde e Moçambique. A demanda gerada pelo edital foi de 61 propostas de projetos, dos quais 50 projetos foram enquadrados no Edital e 17 projetos foram aprovados. O segundo edital, Edital MCT/CNPq 15/2006, está disponível no site do CNPq.