Na elaboração da Segunda Fase do Subprograma de Ciência e Tecnologia do Programa Piloto (SPC&T Fase II) houve a participação de comitês de especialistas científicos, o levantamento de demandas de ciência e tecnologia nos demais subprogramas e projetos do PPG7 e de programas no âmbito do sistema de ciência e tecnologia, bem como a realização de seminários e oficinas de trabalho em algumas cidades da Região Amazônica e em Brasília.
Essa proposta se insere dentro das diretrizes estratégicas da Política de C&T, que busca a consolidação de mecanismos nacionais de longo prazo que permitam o apoio à pesquisa e que possam garantir a manutenção e expansão da infra-estrutura de C&T. Assim, o foco principal do SPC&T Fase II está orientado à pesquisa regional na Amazônia, a ser realizada de forma articulada e cooperativa através de sub-redes temáticas, à divulgação dos seus resultados para o benefício de um grande número de usuários finais e à implantação de um sistema eficiente de monitoramento e avaliação.