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A Fase II do Subprograma de Ciência e Tecnologia do Programa Piloto para a Proteção das Florestas Tropicais do Brasil (SPC&T/PPG7) tem por objetivo principal promover e disseminar, de forma coordenada e cooperativa, pesquisas científicas e tecnológicas em áreas relevantes do conhecimento visando contribuir para a conservação e o desenvolvimento sustentável da região amazônica.
 Para alcançar esse objetivo, o Subprograma apoiará:
- a pesquisa científica e tecnológica nos seguintes temas estratégicos para a região: manejo integrado de ecossistemas terrestres e recuperação de áreas degradadas; manejo integrado de bacias hidrográficas, ecossistemas aquáticos e recuperação de áreas degradadas;
- a seleção e o uso de métodos inovadores que facilitem a divulgação e aplicação do conhecimento científico e tecnológico para a conservação e desenvolvimento sustentável orientada aos usuários finais (população amazônica e gestores públicos);
- desenvolvimento e utilização de um sistema efetivo e eficiente de coordenação de projetos, incluindo um sistema apropriado de monitoramento e avaliação dos resultados e impactos.
De acordo com o desenho do projeto da Fase II, o Subprograma de C&T apoiará duas redes temáticas de pesquisa científica e tecnológica: manejo integrado de ecossistemas terrestres e recuperação de áreas degradadas; manejo integrado de bacias hidrográficas, ecossistemas aquáticos e recuperação de áreas degradadas. Serão enfatizados, também, a seleção e o uso de métodos inovadores que facilitem a divulgação e aplicação do conhecimento científico e tecnológico pelos usuários finais (população amazônica e gestores públicos).
Cada rede temática apresenta cinco sub-temas de pesquisa, sendo que o SPC&T prevê a formação de sub-redes de pesquisa, que deverão estar relacionadas a um desses subtemas e deverão incluir um ou mais temas transversais.
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