O Desenvolvimento Sustentável da Amazônia é um dos eixos estratégicos de atuação do MCT. O objetivo é fazer da ciência, da tecnologia e da inovação de instrumentos de afirmação de soberania nacional na região e de sua integração ao País e ao continente. Especificamente, debruça-se prioritariamente o ministério sobre a biodiversidade amazônica.

Convém ressaltar, ainda, que as linhas temáticas propostas para a pesquisa, na Segunda Fase do SPC&T, vão ao encontro da produção de conhecimentos científicos de grande potencial de uso para subsidiar o alcance dos objetivos estabelecidos em acordos nacionais e internacionais para a sustentabilidade ambiental como, por exemplo, os compromissos assumidos a partir da Convenção sobre Diversidade Biológica, da Convenção sobre Mudanças Climáticas e do Protocolo de Kyoto. Adicionalmente, o fomento à pesquisa proposto também atende às recomendações da Agenda 21 Brasileira, tais como:

• promoção de incentivos às pesquisas relacionadas ao desenvolvimento sustentável, especialmente nas áreas em que o Brasil já tem investido e em outras que possuem vocação natural conferida por sua base de recursos naturais;
• formação e capacitação de recursos humanos em C,T&I para o desenvolvimento sustentável, considerando as especificidades regionais;
• democratização da distribuição dos recursos humanos em ciência e tecnologia no espaço regional brasileiro;
• fortalecimento dos mecanismos de divulgação científica e tecnológica para o desenvolvimento sustentável, promovendo a integração entre os produtores do conhecimento e seus usuários;
• incorporação, nas avaliações de projetos e outras iniciativas de C&T, dos conceitos e das diretrizes do desenvolvimento sustentável, em adição aos já utilizados, tais como qualidade, relevância e mérito;
• promoção da geração e da divulgação de conhecimentos sobre a utilização sustentável dos recursos naturais renováveis e não-renováveis;
• estímulo à pesquisa e ao desenvolvimento de tecnologias e práticas de produção agrícola sustentáveis, buscando associar aumento de produtividade com formas de produção apoiadas em técnicas que contemplem a conservação e a reconstituição da diversidade biológica;
• desenvolvimento e implementação de estratégias para a proteção efetiva dos conhecimentos tradicionais, que garanta justa repartição de benefícios advindos do uso desses conhecimentos;
• contribuição à criação de um ambiente favorável à inovação, prevendo mecanismos de transferência dos conhecimentos gerados para os setores público e privado e apoiando incubadoras de empresas, formação de redes de inovação, projetos cooperativos, arranjos locais, plataformas tecnológicas e propriedade intelectual.