A estrutura da Fase II do Subprograma de Ciência e Tecnologia do Programa Piloto para a Proteção das Florestas Tropicais do Brasil a cargo do Ministério da Ciência e tecnologia, está dividida em duas Unidades:

a Unidade de Coordenação Geral - UGC no âmbito da Assessoria de Captação de Recursos – ASCAP /SEXEC e a Unidade de Coordenação Executiva – UCE , no âmbito do Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnológico - CNPq.

No âmbito da Unidade de Coordenação Geral do Subprograma - UCG, existem a Coordenação Financeira, a cargo da Subsecretária de Planejamento, Orçamento e Administração – SPOA que garantirá a implementação das atividades administrativas e financeiras e a Coordenação Técnica a cargo da Secretaria de Políticas e Programas de Pesquisa e Desenvolvimento – SEPED, que funcionarão em estreita interação com a UCE