O objetivo geral do SPC&T Fase II é promover e disseminar, de forma coordenada e cooperativa, pesquisas científicas e tecnológicas em áreas relevantes do conhecimento, contribuindo para a conservação e o desenvolvimento sustentável da Região Amazônica.

Os objetivos específicos incluem:

• promover o desenvolvimento de pesquisas que atendam às demandas regionais;
• apoiar projetos de pesquisa que incorporem os temas transversais etnociências, economia ecológica e relações estado e sociedade;
• promover projetos inter e multidisciplinares, objetivando a integração de vários grupos de pesquisa;
• estimular parcerias e a capacitação regional de C&T, por meio de articulação de redes científico-tecnológicas e da execução de pesquisas de forma cooperada, preferencialmente com participação de vários grupos de pesquisa e de outros segmentos da sociedade;
• integrar conhecimentos científicos e tecnológicos para desenvolver modelos de ocupação sustentável que garantam a manutenção dos processos ecológicos, a biodiversidade e o desenvolvimento econômico e social regional;
• estimular a divulgação aos beneficiários do PPG7 (população amazônica e gestores públicos) do conhecimento científico gerado;
• apoiar a participação de grupos de pesquisa emergentes;
• incentivar a formação e a fixação de pesquisadores na Região Amazônica;
• incentivar pesquisas nas Áreas Prioritárias para a Biodiversidade de acordo com o Decreto Presidencial nº 5.092/2004, de 21 de maio de 2004, e a Portaria MMA nº 126, de 27 de maio de 2004.