A partir do ano de 2006, com as novas diretrizes de redução de programas no âmbito do MCT, o programa Mudanças Climáticas Globais foi extinto e suas ações incorporadas pelos programas Ciência, Tecnologia e Inovação para a Natureza e Clima; e Gestão da Política de Ciência, Tecnologia e Inovação.

Ao programa Ciência, Tecnologia e Inovação para a Natureza e Clima coube a ação de Pesquisa e Desenvolvimento sobre Mudança Global do Clima que prevê o desenvolvimento de pesquisas e estudos no sentido de obter informações sobre fatores de emissão e níveis de atividades dos setores para aperfeiçoar a elaboração do inventário brasileiro de emissões de gases de efeito estufa; desenvolvimento de pesquisas e estudos em áreas de tecnologia que visem a mitigação das emissões de gases de efeito estufa ou monitoramento dessas emissões; pesquisas para desenvolvimento de parâmetro para modelos de circulação geral com acoplamento da atmosfera e oceanos. O programa Ciência, Tecnologia e Inovação para a Natureza e Clima é vinculado à Secretaria de Políticas e Programas de Pesquisa e Desenvolvimento (SEPED) do MCT.

Ao programa Gestão da Política de Ciência, Tecnologia e Inovação coube as demais ações existentes anteriormente no programa Mudanças Climáticas Globais, são elas: Inventário nacional de emissões de gases de efeito estufa, que prevê a elaboração periódica do inventário anual nacional de emissões de gases de efeito estufa e realização de pesquisas sobre fatores de emissão e níveis de atividade nos setores de energia, indústria, uso de solventes, agropecuária, mudança no uso da terra e floresta e tratamento de resíduos; Operacionalização do Mecanismo de Desenvolvimento Limpo, que prevê que seja viabilizada a avaliação, quanto à contribuição para o desenvolvimento sustentável, de projetos submetidos à apreciação da Comissão Interministerial de Mudança Global do Clima, no âmbito do Mecanismo de Desenvolvimento Limpo do Protocolo de Quioto, a capacitação de instituições e especialistas na área de mudança global do clima, a contratação de estudos e a realização de visitas técnicas aos projetos aprovados no âmbito da Comissão Interministerial; e Funcionamento da Comissão Interministerial de Mudança Global do Clima (ação não orçamentária), que prevê a manutenção das atividades da Comissão Interministerial de Mudança Global do Clima, o que inclui a realização de reuniões e capacitação da Secretaria Executiva da Comissão.