A necessidade de aperfeiçoamento do PBQP foi imposta pela sua própria dinâmica, em ambiente mais aberto e competitivo, alavancado pelo acirramento da competição internacional, sob a égide de novas formas não tarifárias de controle do comércio multilateral e dificuldades nas questões do emprego. Internamente, este ambiente foi auxiliado pela estabilização da economia, importante aliado da competitividade estrutural, ao lado da busca de eficiência do aparelho estatal e do fortalecimento das microempresas. A resposta insuficiente de alguns setores da economia e de algumas regiões do País aos esforços feitos e as lacunas ainda existentes em termos de qualidade e produtividade também mereceram atenção na segunda fase do PBQP.

Como resultado de uma ampla discussão entre entidades governamentais, empresariais, de trabalhadores, e de consumidores, foi definida a reorientação estratégica do PBQP, delimitada no horizonte de tempo 1996/98.

Nesse novo estágio, o Programa têve como foco de atuação quatro macroprioridades, expressas nos subprogramas em que foi desdobrado: