Considerando a necessidade de incorporar outras parcelas da sociedade ao Programa, bem como aumentar a mobilização daquelas já atuantes, o Governo decidiu proceder um realinhamento estratégico no PBQP. Este realinhamento estratégico foi consubstanciado com:

• o estabelecimento de metas mobilizadoras nacionais;
• a criação de expressões mobilizantes;
• a implantação de novo modelo de gerenciamento integrado;
• a coordenação executiva conjunta por órgão governamental (INMETRO) e entidade da sociedade civil (IBQP).

Em 1999, foram feitos os seguintes ajustes no PBQP:

• ratificação da organização por metas;
• criação de subprogramas estruturantes;
• incorporação de novos temas;
• alterações na composição do Comitê Nacional da Qualidade e Produtividade e na Coordenação Executiva do PBQP;
• ênfase especial no acompanhamento e avaliação do PBQP.