A Coordenação-Geral de Gestão de Ecossistemas - CGEC tem por finalidade  coordenar e supervisionar a implementação da Rede Temática em Modelagem Ambiental da Amazônia - GEOMA, do Centro de Pesquisas do Pantanal – CPP, da Fase II do Subprograma de Ciência e Tecnologia do Programa de Proteção às Florestas Tropicais do Brasil - SPC&T/PPG7, em estreita colaboração com as  demais instituições brasileiras envolvidas e promover atividades de pesquisa e disseminação de conhecimentos ligados ao meio ambiente, assim como participar da articulação com entidades de pesquisa e desenvolvimento e outras entidades públicas e privadas, visando dar maior efetividade às suas ações, particularmente em temas afetos ao desenvolvimento do conhecimento, à cooperação científica, e à transferência de tecnologia.