Uma das grandes limitações quanto ao dimensionamento dos dispêndios em ciência e tecnologia do país diz respeito aos gastos em pesquisas realizadas nas instituições de ensino superior. O próprio Manual Frascati recomenda a inclusão desses gastos, mas reconhece a dificuldade de distinguir a quantidade de recursos que são direcionadas à pesquisa daqueles destinados à educação, tendo em vista que recursos humanos e materiais, freqüentemente, dedicam-se simultaneamente a essas duas atividades que, inclusive, alimentam-se reciprocamente.

Essas dificuldades se ampliam ainda mais quando se trata das atividades de pós-graduação, pois a realização de pesquisas é condição necessária para a obtenção de títulos de pós-graduação e, em geral, tais pesquisas contêm os elementos de novidade e criatividade que caracterizam as atividades de P&D.

Diante desses problemas, optou-se por estimar os gastos com a pós-graduação como proxy dos dispêndios em C&T nas instituições de ensino superior. Se tal opção, por um lado, pode estar considerando como C&T atividades da pós-graduação que possam ser questionadas, por outro, não considera nenhuma das atividades desenvolvidas na graduação como sendo de C&T.

Uma vez adotada essa opção, o problema que se enfrentou foi o de como estimar os dispêndios com a pós-graduação, tendo em vista que eles não são identificados isoladamente nos balanços das instituições de ensino superior. A solução adotada, em especial nas instituições públicas, foi obter os recursos executados por essas instituições, a partir de demonstrativos contábeis, subtrair os gastos com o pagamento juros e amortização de dívidas (interna e externa), com o cumprimento de sentenças judiciais, com as despesas previdenciárias com inativos e pensionistas e com a manutenção dos hospitais universitários e estimar qual a parcela do restante que seria direcionada à pós-graduação. Para a realização dessa estimativa, tomou-se como parâmetro principal a proporção do número de professores da pós-graduação no total dos professores, tendo em vista que o maior peso dos dispêndios no ensino superior – excluídos os dois gastos anteriormente mencionados – concentram-se em pessoal.

Em função da disponibilidade de informações, foram adotados métodos de cálculo específicos para as instituições federais, estaduais e particulares, que estão descritos na respectiva nota específica.