Atualmente, os seguintes projetos são financiados por esse Programa: 

• Qualidade do Café - aroma e sabor a partir de proteínas e metabólitos - DF
  
• Descoberta de genes de resistência na interação entre Musa acuminata e Mycosphaerella fijiensis - DF
  
• Estratégias genômicas e proteômicas no estudo da expressão de fatores de virulência em Paracoccidioides brasiliensis e Cryptococcus neoformans - GO
• Implantação do 1º Laboratório de Oncogenética e Radiobiologia de Goiás - GO
• Aplicação e estudos moleculares do agente de controle biológico Trichoderma harzianum - GO
• Integrando genômica funcional e biotecnologia para melhorar a tolerância a estresses em plantas - MG
• Software para análise genômica em ambiente computacional cooperativo e distribuído na Região Centro-Oeste - MS
• Vibrios: genômica, proteômica e prospecção biotecnológica - RJ
• Rede GENOPROT Dengue: Ferramentas de gênomica e protêomica na identificação de alvos moleculares para diagnóstico e terapia da dengue - RJ
• Genômica e proteômica das leucemias - RJ
• Proteômica funcional para elaboração de ferramentas biotecnológicas para tratamento de doenças tropicais com especial ênfase em malária e leishmaniose - RO
• Identificação e caracterização de marcadores biológicos e diagnósticos em tripanosomatídeos patogênicos através de genômica e proteômica comparativas - SC
• Respostas moleculares em camarões de cultivo Litopenaeus vannamei infectados com o vírus da mancha branca e sob condições de estresse - SC
• S-nitrosilação de fatores de transcrição e morte celular programada em plantas - SC
• Caracterização fisiológica e molecular da resposta à seca em cana-de-açúcar - SP
• Identificação de genes de cana-de-açúcar diferencialmente expressos em condições de estresse hídrico - SP
• Identificação e caracterização de novos genes e proteínas de interesse biotecnológico para o Brasil - SP
• Proteômica estrutural e funcional aplicada à área biomédica - SP
• Genética e proteômica do carcinoma de células escamosas de orofaringe - SP
• Análise proteômica de cultivares de cana-de-açúcar em ambientes de estresse hídrico - AL