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A proposta de criação de um Centro Binacional de Nanociências e Nanotecnologia entre Brasil e Argentina surgiu na I Reunião Ciência, Tecnologia e Sociedade, organizada pela AAPC/SBPC sob os auspícios do Ministério da Educação da Argentina, através da Secretaria de Ciência Tecnologia e Inovação Produtiva (SECyT), e de diferentes ministérios e agências do governo brasileiro, que ocorreu em Buenos Aires, em novembro de 2004. A proposta tinha como referência o Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia – CBABIO, que já funciona há cerca de 20 anos.
Em 18 de agosto de 2005, um grupo de trabalho constituído por Dr. Jorge Humberto Nicola, Dr. Alfredo de Souza Mendes, Prof. José d’Albuquerque e Castro, Prof. Jairton Dupont , designados pelo MCT, e por Eng. Agueda Menvielle, Prof. Ernesto Calvo, Prof. Alberto Lamagna, Dr. Alfredo Boselli e Sra. Silvina Bidart, pela Argentina, reuniu-se na Secretaria de Ciencia, Tecnologia e Innovación Productiva, em Buenos Aires, para discutir a questão da criação de um Centro Brasileiro-Argentino de Nanotecnologia -CBAN. Dessa reunião resultou um documento detalhando a proposta, que foi encaminhado ao Comitê-Gestor de Alto Nível Brasil-Argentina.
Em reunião realizada em 24 de agosto do mesmo ano, o Comitê Gestor considerou que o documento serviria de base para uma proposta de acordo bilateral, a ser apresentado por via diplomática. Finalmente, em 30 de novembro de 2005, Dia da Amizade Brasil-Argentina, em Foz do Iguaçu, os Governos Brasileiro e Argentino firmam o Protocolo para a Criação do Centro.
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