Algunos órganos ofrecen la posibilidad de financiamiento integral o parcial de actividades de proyectos en el ámbito del MDL.
 
La FINEP (Financiadora de Estudos e Projetos), empresa pública vinculada al MCT, ofrece el Programa de Apoyo a Proyectos de Mecanismo de Desarrollo Limpio, Pro-MDL, que financia la inversión previa y el desarrollo científico y tecnológico de actividades de proyecto en el ámbito del MDL por medio de líneas de financiamiento reembolsables y no reembolsables (http://www.finep.gov.br/programas/pro_mdl.asp).

El Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico e Social (BNDES) ofrece una línea de crédito para "estudios de viabilidad, costos de elaboración del proyecto, Documentos de Concepción de Proyecto (PDD) y demás costos relativos al proceso de validación y registro"  (http://www.bndes.gov.br/ambiente/meio_ambiente.asp), además del Programa BNDES Desarrollo Limpio, que es un programa para la selección de Gestores de Fondos de Inversión, con su foco apuntado a empresas/proyectos con potencial de generar Reducciones Certificadas de Emisión (RCEs) en el ámbito del MDL.
(Português: http://www.bndes.gov.br/programas/outros/desenvolvimento_limpo.asp; Inglés: http://www.bndes.gov.br/english/clean_development.asp).

Adicionalmente, la Caixa Econômica Federal cuenta con una línea de crédito para el financiamiento integral de actividades de proyectos en el ámbito del MDL en áreas como saneamiento, bombeo de agua y pequeñas hidroeléctricas, por ejemplo.