A instituição responsável pela elaboração do Balanço de Pagamentos é o Banco Central do Brasil. Porém, o Instituto Nacional de Propriedade Industrial (Inpi) responsabiliza-se por controlar e averbar os contratos que envolvam remessas de recursos ao exterior a título de transferência de tecnologia. Embora essas duas instituições operem de forma integrada, nem todos os contratos considerados para compor o Balanço Tecnológico são averbados pelo Inpi, o que deve implicar alguma superestimação desses fluxos, em especial no que diz respeito ao "fornecimento de serviços de assistência técnica".

Em outros termos, as informações ora apresentadas não correspondem exatamente ao Balanço Tecnológico, tendo em vista que nem todos os contratos computados referem-se efetivamente à transferência de tecnologia. O Ministério da Ciência e Tecnologia já iniciou conversações com as duas instituições envolvidas na produção dessas informações com vistas a superar tais dificuldades.