Entre os principais objetivos da Coordenação para Mar e Antártica está o de assistir a Secretaria de Políticas e Programas de Pesquisa e Desenvolvimento, no desenvolvimento de sua capacidade de formulação de políticas nacionais e planos para prover as necessidades brasileiras em ciência e tecnologia marinha; reforçar e ampliar a cooperação científica, a nível nacional e internacional, através de redes e arranjos institucionais com organizações nacionais e internacionais, de modo a promover a geração do conhecimento, troca de informação e experiência nas ciências marinhas e oceânicas, globais e regionais. A Coordenação objetiva também, e em destaque, assistir a Secretaria na definição da política científica e nos assuntos científicos antárticos.
