A participação do cidadão na administração pública encontra-se estabelecida na Constituição Federal. Ao criar sua Ouvidoria, o MCT abre um canal para que o cidadão possa ser ouvido e manifeste reivindicações, comentários, elogios e críticas sobre as atividades e serviços prestados. Todas as manifestações são analisadas e encaminhadas às respectivas áreas de competência para as providências que se fizerem necessárias, informando-se ao cidadão o resultado destes procedimentos.

O ministério estabelece os mecanismos para que qualquer cidadão possa se manifestar sobre a qualidade da prestação dos serviços públicos. Ao assegurar este direito e criar um canal de participação efetiva, o MCT espera melhorar ainda mais o desempenho de sua missão precípua de colaborar para o desenvolvimento sustentável dos processos de produção de ciência, tecnologia e inovação.