A Secretaria Executiva tem por finalidade assistir ao Ministro de Estado na supervisão e coordenação das atividades das Secretarias integrantes da estrutura do Ministério, das unidades de pesquisa e das entidades
vinculadas.

Entre suas atividades, destacam-se:

1 - definição de diretrizes de implementação de ações na área de ciência e tecnologia;
2 - coordenação e elaboração de diretrizes, normas, planos e orçamento relativos a planos anuais e plurianuais;
3 - captação de recursos para financiamento de programas e projetos de desenvolvimento científico e tecnológico e formação de recursos humanos; e
4 - supervisão e coordenação do acompanhamento das realizações de programas e projetos de pesquisa científica e tecnológica das unidades de pesquisa.

Sua estrutura organizacional é composta pelas seguintes unidades: