A Coordenação de Políticas e Programa de Pesquisa em Biodiversidade - CGBD foi criada pela nova estrutura do Ministério da Ciência e Tecnologia, instituída pelo Decreto N.º 4.724 de 10 de junho de 2003.

A missão da CGBD é promover a articulação entre as diferentes iniciativas voltadas para a pesquisa em biodiversidade, bem como participar de todos fóruns de discussão sobre esse tema, visando a implementação das diretrizes estabelecidas pela Convenção de Biodiversidade - CDB.

O principal programa da CGBD é Programa de Pesquisa em Biodiversidade - PPBio cuja atuação está direcionada principalmente para os temas relacionados a inventários, taxonomia e coleções biológicas. As ações do PPBio estão inseridas no Plano Plurianual 2004-2007 no Programa 1122 – Ciência, Tecnologia e Inovação para a Natureza e Clima, assim distribuídos:
a) 0756 – Apoio à Implantação e Manutenção de Redes de Inventário da Biota;
b) 0754 – Apoio à Modernização de Acervos Biológicos (coleções ex situ);
c) 0909 – Apoio à Pesquisa e Desenvolvimento em Áreas Temáticas da Biodiversidade;
d) 6739 – Desenvolvimento de Ações Estratégicas para Políticas de Pesquisa em Biodiversidade.

O PPBio tem abrangência nacional e sua implantação teve início na região amazônica por meio de dois núcleos executores – O Instituto Nacional de Pesquisa da Amazônia – INPA, atuando na Amazônia Ocidental e o Museu Paraense Emílio Goeldi – MPEG, atuando na Amazônia Oriental. Em seguida, foi estruturada a Rede de Pesquisa do Semi-árido – INSEAR, tendo como núcleo executor a Universidade Federal de Feira de Santana – UEFS. Atualmente está em fase de implantação a Rede Mata Atlântica.
A meta do PPBio é incluir pelo menos um novo bioma a cada ano de atuação.

Outros programas e projetos são conduzidos na CGBD, tais como o Programa de Taxonomia, o Projeto de gestão da informação sobre a Biodiversidade do Espírito Santo, o Projeto Rede Virtual de Informações sobre Biodiversidade.

A CGBD/MCT tem ativa participação na implementação das diretrizes da CDB, sendo atualmente o Ponto Focal de Taxonomia (Global Taxonomy Initiative – GTI National Focal Point).

Atua também de forma intensa em fóruns nacionais e internacionais defendendo a posição do governo brasileiro nesses fóruns.

Na atuação interna destaca-se a representação nas reuniões, grupos de trabalho e câmaras temáticas do Conselho Gestor do Patrimônio Genético – CGEN. Participa das seguintes câmaras temáticas: Legislação; Procedimentos administrativo; Patrimônio genético mantido em condições ex situ; repartição de benefícios; conhecimento tradicional associado.
A CGBD responde pela representação do MCT (titular e suplente) no CGEN.

Participa do Conselho Nacional de Biodiversidade – CONABIO, representando o MCT como titular e suplente, e nas câmaras temáticas: Coleções biológicas e COP 8.

Destaca-se ainda a participação e empenho da CGBD na consolidação do PL de Acesso ao Patrimônio Genético (Casa Civil), nas discussões sobre o Regime Internacional de Acesso e Repartição de Benefícios e na CPI da Biopirataria.

Como resultado dessa atuação a CGBD é constantemente solicitada a participar como debatedor e conferencista em congressos, simpósios realizados dentro e fora do país.