A Coordenação Geral de Meio Ambiente – CGMA, antecessora da Coordenação Geral de Políticas e Programas Setoriais Ambientais – CGSA, foi instituída em 2000 através do Decreto 3.568 - publicado no D.O.U em 18.8.2000. Esta coordenação foi estruturada principalmente para apoiar o gerenciamento do Programa de Ciência e Tecnologia para a Gestão de Ecossistemas.

Em 2003, com a nova estruturação do MCT, a CGMA foi substituída pela CGSA que mantinha as responsabilidades anteriores com exceção aquelas ligadas à área temática de biodiversidade. A responsabilidade da CGSA pelo Programa de Ciência e Tecnologia para a Gestão de Ecossistemas encerrou-se em 2003 com o término do PPA Avança Brasil. O programa foi fundido com outros originando o Programa Ciência, Natureza e Sociedade, gerenciado pelo Secretário da SEPED.

A CGSA era responsável pela execução de 4 ações orçamentárias do referido programa no PPA 2004/2007, a saber: P&D de Projetos Científicos e Tecnológicos do Programa Piloto para Proteção das Florestas Tropicais (PPG7); Desenvolvimento de Pesquisas sobre os Ecossistemas do Pantanal; Pesquisa e Desenvolvimento de Métodos, Modelos e Geoinformação para a Gestão Ambiental - GEOMA; e Desenvolvimento de Pesquisas Estratégicas para os Biomas Brasileiros. 

Atualmente, a CGSA foi substituída pela Coordenação-Geral de  Ecossistemas - CGEC de acordo com o Decreto n.º 5.886, de 06 de setembro de 2006. Essa Coordenação é responsável por todas as ações de sua antecessora, a CGSA.

A CGEC acompanha ainda três ações do programa: Monitoramento Ambiental da Amazônia, executada pelo INPE, Fomento à Pesquisa e ao Desenvolvimento sobre a Composição e a Dinâmica dos Ecossistemas Brasileiros (PELD), executada elo CNPq, e Desenvolvimento de Pesquisas sobre o Clima e os Ciclos Biogeoquímicos dos Ecossistemas Amazônicos (LBA), executada pelo INPA. Além destas ações, a CGEC representa o MCT em diversos grupos de trabalho sobre meio ambiente e Amazônia, com destaque para o Grupo Permanente de Trabalho Interministerial para a Prevenção e Controle do Desmatamento na Amazônia - GPTI e o Conselho Nacional de Meio Ambiente – CONAMA.