Há reconhecidas limitações quanto à qualidade destas informações, em geral de difícil superação. Tais limitações possuem naturezas distintas que requerem esforços específicos para serem superadas. Há quatro tipos de limitações mais importantes, brevemente comentadas adiante:

- As características das fontes de informação

De início, note-se que os dados primários são oriundos dos balanços da União e dos estados e, portanto, fortemente dependentes da correta classificação utilizada na contabilização de sua execução orçamentária. Nem sempre tal classificação se dá de maneira criteriosa, sobretudo naquelas unidades orçamentárias e estados com pouca tradição de gastos na área de C&T. No entanto, convém ressaltar que a qualidade das informações sobre os recursos públicos alocados em C&T vem se aprimorando substantivamente, nos últimos anos;

- A atualização dos valores monetários

Para a atualização dos valores monetários aplicados pelos governos estaduais, foi utilizada a inflação média do ano, medida pelo Índice Geral de Preços - Disponibilidade Interna (IGP-DI), da Fundação Getúlio Vargas (FGV). Este procedimento parece adequado para o período posterior a 1994, quando os patamares inflacionários mantiveram-se relativamente baixos. Porém, para os anos com inflação elevada esta opção não supera uma dificuldade inerente à própria base de dados utilizada. Como é sabido, as informações dos balanços dos estados expressam a soma dos valores correntes executados a cada mês, o que pode levar a distorções na comparação intertemporal desses gastos, mesmo com a opção de atualização monetária adotada.

Os valores monetários aplicados pelo Governo Federal para o período de 1991 a 1999, já foram calculados levando-se em conta a execução mensal desses recursos. Os procedimentos utilizados estão documentados em nota própria.

- A subestimação dos gastos

Outra limitação refere-se à subestimação de alguns itens de gastos.: é o caso da contabilização de apenas os recursos do tesouro no caso dos dispêndios estaduais. Quanto ao ensino de pós-graduação, foram estimados os gastos realizados nas instituições de ensino superior federais, estaduais e privadas. Para cada uma dessas instituições foram adotados critérios específicos, segundo as fontes de informação disponíveis, mas ainda existem muitas lacunas a serem preenchidas, pois, por exemplo, só foram obtidas informações de algumas das instituições estaduais, apesar de serem as mais significativas, o que leva à subestimação desses gastos;

- As mudanças originadas pelo Plano Plurianual (PPA)

A partir de 2000, com a aprovação do Plano Plurianual (PPA), a Classificação Funcional-Programática foi profundamente alterada. Isso implicou na necessidade de se construir um "tradutor" da antiga para a nova classificação, além de rastrear atividades de Ciência e Tecnologia que, porventura, não tenham sido identificadas com esse tradutor.